El descubrimiento del Estrecho de Magallanes fue uno de los numerosos hallazgos de la expedición que partió de Sanlúcar de Barrameda un 20 de septiembre de 1519. Esta expedición, que contaba con una flota de cinco navíos, partió con la misión de dar la vuelta al mundo en barco. Fue capitaneada por el portugués Fernando de Magallanes y tras la muerte de este, por Juan Sebastián ElCano.
Tras más de medio año navegando y fondeando de algunas calas ya conocidas por los viajes de Colón, avistaron por primera vez la Patagonia y decidieron pasar el invierno en la bahía de San Julián tras algunas disputas con las tribus locales. Fondearon el día 29 de octubre de 1520. En esta bahía, actualmente, se encuentra una réplica de la nao Victoria; una de las naves con las que llegó Magallanes.
Pero la tranquilidad de estar en tierra le duró poco al capitán de esta complicada empresa. El día uno de noviembre de 1520 se sublevaron varios capitanes de los navíos y algunos de sus marineros. Entre los sublevados se encontraban Juan de Cartagena, Gaspar de Quesada, Antonio de Coca, Luis de Mendoza y hasta un clérigo: Bernardo Clamette. Esta rebelión fue provocada al cambio de ruta tomado por Magallanes y que al no llegar al puerto del cabo Buena Esperanza, creían que la expedición había fracasado.
Los sublevados fueron ejecutados, pero no todos. Magallanes temía quedarse sin gente para comandar las naves durante el resto del viaje que les esperaba. A Juan de Cartagena y al clérigo Bernardo Clamette fueron abandonados en tierra cuando zarparon.
El 30 de agosto zarparon de la bahía de San Juan surcando las aguas del río Santa Cruz. Tras 53 días de navegación llegaron el 21 de octubre de 1520 a lo que creían que era una bahía; pero resultó ser un cabo que lo bautizarían como Cabo Vírgenes. Sólo cuatro de las naves de las cinco que partieron de la bahía de San Julián llegaron a este punto ya que el día 3 de agosto de ese mismo año la nao Santiago encalló durante la navegación por el río.
Ese mismo día, 21 de octubre, Magallanes decide enviar dos naves a explorar la bahía. Un mes después, parten hacia el Paso de Todos los Santos (lo que sería bautizado después como Estrecho de Magallanes) tres de las cuatro naos que aun quedaban ya que una de ellas, la San Antonio, capitaneada por Esteban Gómez, desvió su rumbo hacia el cabo Buena Esperanza al no verle futuro alguno a la expedición del marino portugués. Estos hombres descubrieron en ese viaje las islas Malvinas.
Durante la semana que duró la travesía del paso de Todos los Santos, Magallanes y su tripulación no avistaron ninguna presencia de indígenas pero sí numerosos focos de humo producido por hogueras. Estos llegaron a la conclusión de que estaban bordeando una isla, por lo que bautizaron esa tierra como Tierra de los Fuegos, que actualmente forman parte de los países de Argentina y Chile.
Finalmente llegan el 27 de noviembre al Mar del Sur. Tras navegar varios días llegan a una isla que la bautizaron como Isla de Los Ladrones ya que los indígenas intentaron robarles todo lo que tenían. Decidieron pasar el invierno allí y empezar a comerciar con especias. Posteriormente esta isla se llamó Filipinas, en honor al rey Felipe II. En esta isla, en la batalla de Mactán , Magallanes fue alcanzado por una flecha envenenada. A pesar de ello, siguió luchando hasta que lo mataron los indigenas en 21 de abril de 1521. Tras su muerte, Juan Sebastián Elcano fue el encargado de dirigir la flota hasta la península ibérica.
